另一支义军东进淮南，进入申州、光州，又攻打隋州，抓获了刺史，以安州为据点，分奇兵包围舒州，攻打庐、寿、光等州。转向东南挺进安州、黄州。逼近扬州，声震淮南。半年时间里，义军在江淮河汉之间广大地区流动作战，打得官军顾此失彼，迅速发展到30万人。

宋威老迈昏庸，不能打仗，就私下与曾元裕商量道：“当初庞勋被灭，康承训就获罪。我们如果成功剿灭草贼，能免祸吗？不如留下草贼，让天子担忧，这样我们也会成为功臣。”因此，等贼兵一走，宋威就立即撤军。皇帝也知道了这件事，就以忠武军节度使崔安潜为行营都统，以前任鸿胪卿李琢代替宋威，以右威卫上将军张自勉代替曾元裕。

草贼出入蕲州、黄州，蕲州刺史裴渥不能抵抗，答应为王仙芝上表求官。双方相约罢兵。王仙芝与黄巢等就与渥一同赴宴。不久，唐僖宗封王仙芝为“左神策军押牙”，王仙芝思想有了动摇，欲放弃斗争，接受唐的官职。

黄巢恨朝廷没有赏赐自己，就斥责王仙芝说：“曾共同立下誓言，横扫天下，现在只有从官员到左军，让这五千多人回到哪里去呢！”这时群情激愤，责骂不已，怒不可遏的黄巢出拳击打王仙芝。因遭到黄巢的责骂，义军强烈反对，王仙芝才勉强拒绝降唐。并劫掠州中兵丁，裴渥、使者都逃跑了。冲突之后，王仙芝与黄巢分兵作战：尚君长入陈、蔡；黄巢向北进发，北掠齐、鲁，与王仙芝分道扬镳。这严重削弱了义军实力。

乾符四年二月，黄巢率军攻陷郓州，杀天平军节度使薛崇。三月，又攻陷沂州，人数达到数万人，黄巢虽连下二州，但仍是孤军作战，势单力薄。这时王仙芝部将尚让屯兵嵖岈山（今遂平西），黄巢便与尚让会合，共保嵖岈山。

当时票帅柳彦璋又攻打江州，抓住了刺史陶祥。黄巢与王仙芝再次合兵，不久，即进攻宋州。正好招讨副使张自勉领兵赶到，斩杀了二千名草贼。

王仙芝于是率原班人马南下，度过汉水，攻打荆南。荆南节度使杨知温入城坚守，贼兵纵火焚烧城墙，杨知温坚守不出，朝廷下诏让高骈代替他。骈用一万五千名蜀兵自己带粮，希望三十日可以赶到，但城池已经失守了，杨知温逃走了，草贼不能守城。于是下诏让左武卫将军刘秉仁做江州刺史，勒兵乘船进入贼兵的营栅，贼兵十分惊骇，争相投降，柳彦璋被斩杀。

黄巢率本部人马在蕲、黄一带迂回作战，攻打和州，却没有攻克。由于作战失利，不得不北返中原，连下匡城（封丘东北）、濮州。]仙芝包围了洪州，并攻了下来，就让徐唐莒来驻守。又攻占了朗州、岳州，并包围了潭州，但被湖南观察使崔瑾击退了。就转战浙西，骚扰宣州、润州，没有能成功，就率本部人马留在江西，让别部回河南。

帝诏让崔安潜回忠武去，重新起用宋威、曾元裕，做招讨使，让杨复光监军。复光派人招降草贼。王仙芝派遣蔡温球、楚彦威、尚君长来谈判，向宋威要求做节度使。宋威假装答应他。上书说“与君长战，禽之” 。最后斩君长等于狗脊岭。仙芝大怒，攻打洪州。宋威亲自率兵去救，在黄梅打败了王仙芝，斩首五万多人，还擒杀了王仙芝，传首京师。

王仙芝死后，余众一部分南下，活动于江浙一带；另一部分则由尚让率领北上，与黄巢会师于亳州。众将推黄巢为黄王，号称“冲天大将军”，改元王霸，并设官分职，驱河南、山南之民十馀万劫掠淮南。

曾元裕在申州击败草贼，死者数万人。皇帝因为宋威讨贼无功，让曾元裕代替他做招讨使，张自勉为副使。黄巢率军袭破了沂、濮二州曾元裕在荆、襄，援兵被阻隔，朝廷任命张自勉伟东北面行营招讨使，督兵进剿农民军。黄巢欲进兵襄邑、雍丘，为滑州节度使李峄所阻。

乾符五年（878年）三月，巢攻打叶城、阳翟，欲进攻东都，左神武大将军刘景仁率兵五千援东都，朝廷诏命河阳兵千人开赴东都，与宣武、昭义兵守卫宫阙。河阳节度使郑延休率兵三千驻守河阴。黄巢军进攻汴（今开封）、宋二州，为东南面行营招讨使张自勉所阻，转攻卫南（今河南滑县东北）、叶（叶县）、阳翟（禹县）等地，朝廷征调义成军节度使的三千人守卫东都附近的伊阙、武牢等地，河南一时势壮。

黄巢五岁时候陪老人，父亲为菊花连句，老头想找不到，他随口回答说：“堪于百花为总首，自然天赐赫黄衣。”黄巢父亲责怪他。于是老翁说：“他能诗，但不知道轻重，可以命令他再写一篇。”黄巢回答说：“飒飒西风满院栽，蕊寒香冷蝶难来。他年我若为青帝，报与桃花一处开”。

“若是这么讲，当年黄巢的大部或许还当真是来过这里……”崔明丽说。